Пока вижу только одну проблему, как раз ту которая описана в шапке темы. Не буду говорить за всю страну, но скажу про то, как делается в Ростове-на-Дону.
Идите в опеку и общайтесь, не вижу большой беды в том, что квартира будет покупаться в ипотеку, а вот уменьшение доли в кв.м. это проблема.
И да, к нотариусу зайти придется, с некоторых пор любая долевая сделка только с участием нотариуса.